É, atualmente, Ministro Adjunto do Primeiro-Ministro para a Delimitação de Fronteiras e Representante de Timor-Leste na Conciliação Obrigatória com a Austrália, do VII Governo Constitucional da República Democrática de Timor-Leste. Anteriormente, foi Ministro de Estado e da Presidência do Conselho de Ministros durante o V e o VI Governos Constitucionais. Entre 2002 e 2007, foi Chefe de Gabinete do primeiro Presidente eleito de Timor-Leste, Kay Rala Xanana Gusmão. Em 2007, antes de tomar posse a 8 de agosto como Secretário de Estado do Conselho de Ministros do IV Governo Constitucional, foi, ainda, Chefe de Gabinete do segundo Presidente eleito e Laureado Nobel da Paz (1996), Dr. José Ramos-Horta. Agio Pereira foi Vice-Presidente do Conselho Nacional (Legislativo), fez parte da equipa timorense criada pelo CNRT, conhecida como Comissão Nacional de Campanha (CNC), e foi nomeado pelo Conselho Nacional da Resistência Timorense (CNRT) como Coordenador da Comissão Nacional de Emergência.